Әдебиеттермен бөлісу: Батыс Африкадағы жабайы ұсақ сүтқоректілердің вирусомдық профилін зерттеу жаңа вирустар мен зооноздық қауіптерді анықтайды

Жақында жарияланған зерттеуМикробиомБатыс Африканың Сьерра-Леоне қаласында жиналған 846 жабайы ұсақ сүтқоректілерге, соның ішінде жарқанаттар, кеміргіштер және шыбындарға вирустық метагеномдық талдау жүргізді. Зерттеу нәтижесінде сүтқоректілермен байланысты 39 РНҚ вирусы анықталды, оның ішінде 26 жаңа және 13 бұрын белгілі вирустар бар. Олардың ішінде Paramyxoviridae тұқымдасы ең жоғары әртүрлілікті көрсетті, ал кеміргіштерде вирустық түрлердің ең көп саны болды (n = 26).

Зооноздық қауіпті бағалау үш белгілі зооноздық вирусты — энцефаломиокардит вирусын, Lassa вирусын және Rocahepevirus sp. — сондай-ақ таралу қаупі бар үш вирусты анықтады: Melian вирусы, кеміргіш гепатит вирусы және Hunnivirus A. Жаңадан анықталған вирустардың ішінде Bat ledantevirus 2 адамға жұқтыратын Le Dantec вирусымен ең жақын филогенетикалық байланысты көрсетті. Серологиялық талдау жергілікті тұрғындардың 2,8%-ында осы вирусқа қарсы бейтараптандыратын антиденелерді анықтады, бұл бұрын адамдармен байланыста болған, мүмкін анықталмаған жағдайды көрсетеді.

Бұл зерттеулер Батыс Африкада кеміргіштер басым вирустық резервуардың бар екенін көрсетеді және адам мен жануарлар арасындағы байланыста интеграцияланған бақылау стратегияларының маңыздылығын көрсетеді. Метагеномдық скринингті серологиялық валидациямен біріктіру зооноздық және таралу әлеуеті бар вирустарды анықтау үшін сенімді негіз болып табылады.

Соңғы онжылдықта адамдарда пайда болатын жұқпалы аурулардың 60%-дан астамы жануарлардан таралған, ал жарқанаттар, кеміргіштер және шырмауықтар зоонозды вирустардың негізгі қоздырғыштары болып табылады. Африка зоонозды аурулардың ошағы ретінде кеңінен саналады. Мысалы, Сьерра-Леонеде 2014-2016 жылдардағы Эбола індеті кезінде 28 000-нан астам жағдай тіркелген.

Бұл аймақтағы зооноздық аурулардың айтарлықтай ауыртпалығына қарамастан, жабайы ұсақ сүтқоректілердегі вирустардың әртүрлілігі мен таралуы әлі де жеткілікті түрде сипатталмаған. Бұл олқылықты жою үшін зерттеушілер 2018 және 2023 жылдар аралығында Сьерра-Леонедегі үш жерде ұсталған 846 жабайы ұсақ сүтқоректіге жүйелі вирусомдық талдау жүргізді. Зерттеу вирустық әртүрлілікті сипаттауға, түраралық берілу әлеуеті бар кандидаттарды анықтауға, зооноздық қауіпті бағалауға және жаңадан пайда болатын жұқпалы аурулар туралы ерте ескерту жүйелерін қолдау үшін дәлелдер жасауға бағытталған.

Негізгі әдістер

Зерттеуде вирустық метагеномиканың кешенді жұмыс процесі қолданылды:

• Үлгіні өңдеу:Жүрек, бауыр, көкбауыр, өкпе және бүйрек тіндері жиналып, біріктіріліп, гомогенделіп, жалпы РНҚ экстракциясына ұшырады.
• Реттік реттеу және құрастыру:Кітапхана құрылысына дейін рибосомалық РНҚ-ның азаюы жүргізілді, содан кейін Illumina NovaSeq 6000 платформасын пайдаланып жоғары өнімділікпен секвенирлеу жүргізілді. Вирустық контигтер жаңадан жиналды.
• Вирусты анықтау:Вирустар РНҚ-тәуелді РНҚ-полимераза (RdRp) генінің сәйкестігіне негізделіп анықталды. Бактериялық, саңырауқұлақ және өсімдік вирустарын қоспағанда, тек омыртқалы жануарлармен байланысты вирустар ғана сақталды.
• Биоинформатикалық талдау:Филогенетикалық реконструкция, рекомбинациялық талдау, түраралық беріліс желісін модельдеу және зооноздық қауіпті бағалау жүргізілді.
• Серологиялық валидация:Bat ledantevirus 2 үшін VSV негізіндегі псевдовирусты бейтараптандыру сынағы жасалды. Бейтараптандыратын антиденелер адам сарысуының 2,8%-ында анықталды, бұл зооноздық берілу мүмкіндігін дәлелдейді.
  

  ЗерттеуНәтижелер

  1. Вирустардың ашылуы және әртүрлілігі

  Бұл зерттеу Сьерра-Леонеде жиналған 846 жабайы жануарға, соның ішінде кеміргіштерге, жарқанаттарға және шыбындарға транскриптомдық секвенирлеу талдауын жүргізді. Толық РНҚ-тәуелді РНҚ-полимераза (RdRp) ген тізбектеріне негізделгенде, сүтқоректілермен байланысты 39 РНҚ вирусы анықталды, оның ішінде бұрын белгілі 13 вирус және 26 жаңа вирус бар.

  Вирустық құрамы жағынан Paramyxoviridae тұқымдасы үш иесінің отрядының барлығында ең жоғары әртүрлілікті көрсетті, одан кейін Astroviridae және Picornaviridae келеді. Иесінің таралуына келетін болсақ, кеміргіштер вирустық әртүрліліктің ең үлкен үлесін қосты, барлығы 26 вирус түрін сақтады, бұл олардың аймақтағы вирустық әртүрліліктің резервуары ретіндегі көрнекті рөлін көрсетеді.

  2. Зооноздық қауіп

  Зооноздық қауіпті бағалау үш белгілі зооноздық вирусты анықтады: энцефаломиокардит вирусы, Ласса вирусы және Рокагепевирус түрлері. Сонымен қатар, үш вирус — Мелиан вирусы, кеміргіш гепатит вирусы және Хуннивирус А — таралу қаупі бар екені анықталды.

  Жаңадан ашылған 26 вирустың ішінде төртеуінің филогенетикалық және геномдық сипаттамаларына негізделген жоғары зооноздық әлеуетке ие екені болжанған. Атап айтқанда, Bat ledantevirus 2 адамға жұқтыратын белгілі Le Dantec вирусымен ең жақын филогенетикалық байланысты көрсетті.

  Кейінгі серологиялық зерттеулер бұл тұжырымды одан әрі растады, себебі жергілікті тұрғындардың сарысуларының 2,8%-ында Bat ledantevirus 2-ге қарсы бейтараптандыратын антиденелер анықталды. Бұл нәтиже адам популяциясында танылмаған немесе симптомсыз инфекциялар бұрыннан болған болуы мүмкін екенін көрсетеді, бұл зооноздық берілу жолының болуы мүмкін екенін көрсетеді, бірақ бұрын анықталмаған.

  3. Түраралық беріліс динамикасы

  Түраралық берілісті талдау кеміргіштердің вирустық ортақтасу желісінде орталық орын алатынын, қожайын түрлері арасында вирустық алмасуды жеңілдететін негізгі түйіндер ретінде әрекет ететінін көрсетті. Түраралық берілуге ​​​​болатын барлығы 15 вирус анықталды.

  Айқас ретті берілу үлгілерін одан әрі талдау вирустық ортақтасу сол таксономиялық реттегі иелер арасында жиірек кездесетінін көрсетті, бұл иелермен туыстықтың берілу динамикасында маңызды рөл атқаратынын көрсетеді. Керісінше, жарқанаттар айқас ретті берілу үшін салыстырмалы түрде төмен қабілеттілік көрсетті.

  Маңыздысы, кейбір вирустарда қожайындардың таралу аймағының кеңеюінің дәлелдері байқалды. Мысалы, бұрын шыбындарға ғана тән деп саналған Мелиан вирусы осы зерттеуде кеміргіштерде де анықталды, бұл қожайындардың бейімделу қабілетінің өзгеруі және кең таралу қаупінің жоғарылауы мүмкін екенін көрсетеді.

  

  Қорытынды және қоғамдық денсаулық сақтау саласындағы салдары

  • Жабайы ұсақ сүтқоректілердегі вирустардың жоғары әртүрлілігі:26 жаңа түрді қоса алғанда, 39 РНҚ вирусының табылуы аймақтағы үлкен вирус резервуарын ашады және алғаш рет жоғары зооноздық әлеуеті бар жаңа вирустар (мысалы, Bat ledantevirus 2) туралы хабарлайды.
  • Кеміргіштер басым бақылау нысандары ретінде:Кеміргіштер вирустың таралуының негізгі орталықтары ретінде әрекет етеді және вирустың ең жоғары әртүрлілігіне ие, бұл ең үлкен таралу қаупін білдіреді.
  • Кешенді бақылау стратегияларының қажеттілігі:Зерттеу нәтижелері белсенді бақылау бағдарламаларында кеміргіштерге басымдық беруді және адам мен жабайы табиғат шекарасында метагеномиканы, серологияны және экологиялық мониторингті біріктіретін кешенді тәсілдерді енгізуді қолдайды.

  Жалпы алғанда, бұл зерттеу жаңадан пайда болып жатқан зооноздық аурулардың ерте ескерту жүйелері мен тәуекелдерді бағалау негіздерін қолдау үшін маңызды дәлелдер келтіреді, бұл жоғары қауіпті аймақтарда проактивті бақылаудың маңыздылығын күшейтеді.

  Өнім туралы ақпарат